Niekontrolowany odłów świstaków w połowie XIX w. doprowadził do znacznego obniżenia się ich liczebności w Tatrach. Pozostały tylko te ostoje, które ze względu na swą lokalizację były niedostępne dla człowieka. W 1881 r. wg danych historycznych w polskiej części Tatr żyło zaledwie 30 świstaków.

Zaniepokojeni tą sytuacją członkowie powstałej w roku 1864 Komisji Fizjograficznej Krakowskiego Towarzystwa Naukowego podnieśli alarm w sprawie powstrzymania procederu kłusownictwa i objęcie ochroną gatunkową najbardziej zagrożonych zwierząt tatrzańskich – świstaka i kozicy. Z ich inicjatywy 5 października 1868 r. na galicyjskim Sejmie Krajowym we Lwowie została uchwalona ustawa „względem zakazu łapania, wytępienia i sprzedawania zwierząt alpejskich właściwych Tatrom, świstaka i dzikich kóz”. Była to pierwsza na świecie parlamentarna ustawa o ochronie gatunkowej zwierząt.

Obecnie świstakom w Tatrach zagrażają zmiany warunków klimatycznych, wzrost liczby drapieżników, nadmierny ruch turystyczny i kłusownictwo, a także w mniejszym stopniu obecność pasożytów oraz wpływ oddziaływań metali ciężkich i innych zanieczyszczeń środowiska.

Tatrzański Park Narodowy prowadzi bierną ochronę świstaka. Polega ona na niedokarmianiu zwierząt oraz prowadzeniu stałego nadzoru terenowego nad ostojami świstaków.

Świstaki w Tatrach spotkać czy wypatrzeć nie jest łatwo. Częściej udaje się usłyszeć ich gwizdy. W okresie słonecznych dni świstaki bardzo chętnie wygrzewają się na kamieniach, a w razie upału pozostają w ich cieniu. Kulminacja aktywności w lecie przypada na godziny ranne i popołudniowo-wieczorne, a na wiosnę i w jesieni na godziny południowe.

Świstaki już z daleka mogą dostrzec potencjalne zagrożenie i ostrzec pozostałych członków kolonii. Zaalarmowane zwierzęta szybko uciekają do swych nor, skąd po chwili znów się wyłaniają. Po upewnieniu się, że niebezpieczeństwo minęło, powracają do przerwanych czynności, z których 60–70 proc. w ciągu dnia pochłania żerowanie, a reszta przypada na zabawy, odpoczynek i dzienną toaletę (iskanie, drapanie itd.).