W listopadzie 2002 Mazowiecki odszedł z Unii Wolności, przeciwstawiając się porzuceniu przez tę partię międzynarodówki chadeckiej oraz wejściu w koalicję wyborczą z SLD.

W 2005 został jednym ze współzałożycieli Partii Demokratycznej – demokraci.pl, mającej stanowić poszerzenie dawnej Unii Wolności m.in. o polityków lewicowych.

Tadeusz Mazowiecki jest przyjacielem i mentorem prezydenta Bronisława Komorowskiego. Był jedną z pierwszych osób, które Komorowski uściskał po wygranych wyborach 2007 roku.

Od 12 października 2010 Tadeusz Mazowiecki jest doradcą Prezydenta RP Bronisława Komorowskiego ds. polityki krajowej i międzynarodowej.