Krytyka spadała na historyka za np. takie wypowiedzi jak: - Po agresji Niemiec na Polskę sytuacja Żydów nie wyglądała bardzo źle. Wprawdzie władze okupacyjne objęły ich nakazem pracy, nakazały noszenie opasek z gwiazdą Dawida, obciążyły wyznaczanie stref tylko dla Żydów, ale jednocześnie zezwoliły na tworzenie judenratów, czyli organów samorządu.
W programie telewizyjnym podważał też ustalenia IPN co do działalności „Burego", jednego z żołnierzy wyklętych, którego oddział zamordował 79 Białorusinów. W ocenie Panfila narodowość ofiar nie miała w tej sprawie znaczenia. - – To, że wszyscy ci konfidenci byli z pochodzenia Białorusinami, nie było powodem akcji – w jego oddziale byli przecież Białorusini, i to na stanowiskach dowódczych. Ponieważ „Bury” likwiduje konfidentów. Nie sprawdza, jakiego są wyzwania, jakiej są narodowości – mówił.
Tomasz Panfil, wykładowca KUL zaczął pracę w IPN po wygranych przez PiS wyborach i zmianach w kierownictwie Instytutu. Wtedy też zaczęto tam zatrudniać osoby związane z Ruchem Narodowym i głoszące podobne teorie.
Tomasz Panfil pełnił obowiązki naczelnika Biura Edukacji Narodowej w lubelskim IPN, ale właśnie odszedł ze stanowiska. Nie oznacza to jednak, że w ogóle żegna się z instytutem. Będzie pracował w Biurze Edukacji Narodowej IPN w Warszawie.
