Mateusz Rutkowski zadebiutował w Pucharze Świata 10 stycznia 2004 roku zajmując w Libercu 37. miejsce. Dzień później po raz pierwszy wywalczył punkty w PŚ. W lutym tego samego roku osiągnął swój największy sukces zdobywając złoty medal mistrzostw świata juniorów podczas rywalizacji w Strynie. Pokonał wtedy m.in Austriaka Thomasa Morgensterna.
Podczas tych zawodów ustanowił rekord skoczni Bjørkelibakken 104,5 m. Adam Małysz widział go nawet w roli swojego następcy, mówiąc że „drzemie w nim wielki potencjał talentu”.
W tym samym roku w konkursie drużynowym wywalczył srebrny medal MŚ wraz z Kamilem Stochem, Stefanem Hulą i Dawidem Kowalem. Na mistrzostwach świata w lotach narciarskich (Planica 2004) zajął 28. miejsce w turnieju indywidualnym, z drużyną uplasował się na 8. pozycji ustanawiając przy okazji swój rekord życiowy (201,5 metra).
Jako trzeci Polak w historii przekroczył granicę 200 metrów. Jego kariera nie potoczyła się jednak zgodnie z planem. Po kłopotach z alkoholem, dyscypliną i nadwagą Rutkowski został po sezonie 2004/2005 wykluczony z kadry narodowej. Był uznawany za jeden z największych zmarnowanych talentów w polskim sporcie.
Jego brat, Łukasz, również był skoczkiem narciarskim. Wspólnie (Łukasz jako prezes, Mateusz jako członek) należał do zarządu utworzonego w 2017 roku Klubu Sportowego Rutkow-Ski.
Magazyn Gol24: Kadra pod lupą, przed meczem z Mołdawią
