Stefan Wilkanowicz ukończył Politechnikę Warszawską, był też i filozofem KUL. Początkowo pracował w zakładach mechanicznych Ursusa. Brał udział w zakładaniu Klubu Inteligencji Katolickiej w Warszawie i Krakowie. Od 1957 r. pracował w „Znaku” i „Tygodniku Powszechnym”. W latach 1978–1994 był redaktorem naczelnym miesięcznika „Znak”.
Stefan Wilkanowicz przewodniczył Komisji Apostolstwa Świeckich Duszpasterskiego Synodu archidiecezji krakowskiej. Podczas wydarzeń sierpniowych w 1980 r. przyłączył się do skierowanego do władz komunistycznych apelu 64 naukowców, literatów i publicystów o podjęcie dialogu ze strajkującymi robotnikami. W 1993 r. objął funkcję wiceprzewodniczącego Krajowej Rady Katolików Świeckich.
Został także wiceprzewodniczącym Międzynarodowej Rady Oświęcimskiej i przewodniczącym jej komisji edukacyjnej, przewodniczącym rady Międzynarodowego Centrum Edukacji o Auschwitz i Holokauście. W 1999 r. powołany na wiceprzewodniczącego Polskiego Komitetu do spraw UNESCO, był też przewodniczącym zarządu Fundacji Kultury Chrześcijańskiej „Znak”. Redagował serwis internetowy „FORUM Żydzi – Chrześcijanie – Muzułmanie”.
Jest autorem kilku książek o tematyce chrześcijańskiej oraz licznych artykułów w różnych periodykach. Jest również autorem tekstu, na podstawie którego Tadeusz Mazowiecki opracował preambułę do Konstytucji RP z 1997 r.
Był Kawalerem Orderu Świętego Sylwestra i laureatem licznych nagród.
