Erdoğan swoją przygodę z trenerką rozpoczął w Türk Telekom Ankara, w którym w latach 1990-1996 pełnił funkcję asystenta szkoleniowca pierwszego zespołu. Taką rolę sprawował również w Galatasaray Stambuł (1996-1998). Na lata 1998-1999 przypadł jedyny epizod w jego karierze, gdy pracował poza granicami Turcji, będąc konsultantem amerykańskiej drużyny akademickiej Iowa State Cyclons. Po powrocie do ojczyzny ponownie przypadła mu funkcja asystenta (w Ojak Renault, 1999-2000). Jego kariera nabrała rozpędu na przełomie XX i XXI wieku. Erdoğan został dostrzeżony przez Fenerbahçe, w którym spędził aż 13 lat (2000-2013). W Stambule pracował pod okiem legendarnych trenerów – Aydına Örsa i Bogdana Tanjevicia.
W sezonie 2009/2010 u trenera Tanjevicia zdiagnozowano raka jelita grubego, co zmusiło go do opuszczenia zespołu pod koniec marca. Erdoğan przejął drużynę Fenerbahçe i poprowadził ją do mistrzostwa Turcji. Pomimo sukcesu, jakim było pokonanie faworyta do tytułu Anadolu Efes, 54-latek nie został mianowany pierwszym trenerem w kolejnym sezonie. W następnych latach stołeczną ekipę prowadzili Neven Spahija i Simone Pianigiani – Erdoğan pomagał im jako asystent. Opuścił klub w 2013 roku.
W ostatnich latach pracy w Fenerbahçe (2010-2013) Erdoğan łączył obowiązki w klubie z pracą w sztabie reprezentacji Turcji, w której pełnił obowiązki asystenta selekcjonera. Po rozstaniu z klubem ze stolicy przyjął ofertę Türk Telekom (2013-2014) i po raz pierwszy został mianowany trenerem klubowego zespołu – nie tylko jako zastępstwo, jak miało to miejsce w Fenerbahçe. W Ankarze nie odnosił znaczących sukcesów, podobnie jak w zespole İstanbul Büyükşehir Belediyespor (2015-2018).
Największym wyzwaniem w karierze Erdoğana było prowadzenie Galatsaray (2018-2020). Podczas swojej kadencji w klubie ze Stambułu 54-letni szkoleniowiec wprowadził na poziom Euroligi wielu utalentowanych koszykarzy. Debiutanci tacy jak Nigel Hayes, Aaron Harrison i Alex Poythress grali pod jego wodzą w swoich pierwszych sezonach w Europie, a następnie podpisali kontrakty z mocnymi europejskimi zespołami, kolejno z Žalgiris Kowno, Olympiakosem i Zenitem Sankt Petersburg.
Latem 2020 roku Erdoğan był bliski związania się z Žalgirisem. Turek był faworytem do przejęcia sterów drużyny po tym, jak Šarūnas Jasikevičius został zakontraktowany przez Barcelonę. Erdoğan rozmawiał z prezesem Žalgirisu Pauliusem Motiejūnasem, ale ostatecznie obaj panowie nie zdołali dojść do porozumienia. Klub z Kowna objął ostatecznie były trener Salt Lake City Stars, Martin Schiller.
Niedługo później Erdoğan przedłużył umowę z Galatasaray. Minęło jednak zaledwie kilka miesięcy i obie strony postanowiły zerwać kontrakt za porozumieniem stron. W listopadzie 2020 roku trener pożegnał się z kibicami, pisząc na Twitterze: „Bez uczciwości nie ma zaufania ani trwałego sukcesu. Dziękuję wszystkim, głównie naszym fanom, którzy wspierali mnie i mój sztab podczas moich dwóch i pół roku w Galatasaray. Mam czyste sumienie”.
Największe sukcesy w trenerskiej karierze Ertuğrula Erdoğana
Jako tymczasowy trener:
mistrz Turcji (2010)
Jako asystent trenera:
mistrz Turcji (2007, 2008)
zdobywca Pucharu Turcji (2010, 2013)
zdobywca Pucharu Prezydenta Turcji (2008)
finalista mistrzostw świata (2010)
ćwierćfinalista Euroligi (2008)
